Η ομάδα των Σερρών έχει καταγράψει μέχρι σήμερα μακρά παρουσία στη Β’ Εθνική, πέφτοντας μέσα στο γήπεδο, στην τρίτη στην τάξη κατηγορία τις χρονιές 1993-1994 και 1995-1996.
Μάλιστα από το 1996 καταγράφει μια συνεχή παρουσία 12 ετών στη Β’ εθνική έως το 2008 όταν και προβιβάστηκε στην Α’ Εθνική.
Ο Πανσερραϊκός έχει συνολικά 25 παρουσίες στο πρωτάθλημα της δεύτερης κατηγορίας, ενώ 4 φορές έχει καταφέρει να πάρει την άνοδο (1964–65 – 3ος, 1971–72 – 3ος, 1979–80 , 2007–08.
Σημειώνεται ότι τη χρονιά 2012-13 ο Πανσερραϊκός τερμάτισε 8ος, αλλά υποβιβάστηκε στην Γ’ Εθνική κατηγορία λόγω οικονομικών προβλημάτων.
